变身系统是核心玩法之一，不同角色通过特定条件可触发形态变化。变身主要分为基础忍术变身、咒印变身、尾兽化变身以及特殊形态变身四种类型，每种类型对应不同的操作机制和战斗效果。
基础忍术变身主要通过结印实现，如E级变身术需按未印顺序操作，可将角色伪装成他人或物体。通灵之术则需完成亥-戌-酉-申-未的结印组合，属于中级难度忍术。这类变身虽战斗实用性有限，但在特定场景能产生战术价值。
咒印变身主要出现在宇智波家族角色中，佐助通过激活咒印可进入咒印状态，表现为背部生出翅膀、查克拉量提升。君麻吕的咒印变身更为极端，最终会化为骨林形态。这类变身需消耗特殊能量槽，通常伴随攻击力强化但持续掉血的设定，属于高风险高回报的战斗形态。
尾兽化是人柱力角色的专属能力，鸣人的九尾模式最具代表性。游戏中对尾兽化的呈现分为多个阶段，从尾兽外衣到完全尾兽化，不同阶段对应不同的技能组和属性加成。此类变身往往需要积攒怒气值，并在变身期间持续消耗查克拉。
特殊形态变身包括仙人模式、须佐能乎等独特设定。药师兜的仙人模式可通过长按技能键触发无敌状态的蛇形突进，宇智波鼬的须佐能乎则包含八坂之勾玉十拳剑等阶段化技能。这类变身通常需要完成特定连招或满足血量条件，变身后会彻底改变角色的战斗模式。
游戏中的变身系统与原著设定高度吻合，但各形态的平衡性经过精心调整。建议玩家根据角色特性选择变身时机，部分形态适合开场压制，有些则更适合残局反制。掌握变身机制是提升战斗效率的关键，但过度依赖变身可能导致战术单一化。
