伙伴培养是游戏的核心玩法之一，涉及升级、突破、好感度、觉醒和技能等多个系统。升级是最基础的培养方式，通过消耗冒险笔记提升伙伴等级，等级上限与船长等级一致，每次升级都会增加属性值和战力值。冒险笔记可通过寻宝之旅的功夫争霸赛挑战获得，高级笔记则需通过特定活动任务获取。等级提升后，伙伴可装备激斗卡和究极奥义卡，这是前期快速提升战力的关键。
突破系统通过消耗伙伴碎片提升星级，每颗星有9个空槽，点亮空槽需要不同数量的碎片。从2星到3星消耗3枚碎片，3星到4星消耗5枚碎片，4星到5星消耗10枚碎片，5星到6星消耗15枚碎片。空槽点亮后需再消耗3枚碎片进行星级提升，每次突破都能获得属性增益。星级提升还能增强爆气和特性等级，爆气等级从三星开始提升，特性等级从二星开始。特性是伙伴的专属增益效果，共6级，每级都会提升效果。
好感度系统通过给予食物资源提升，所有食物资源均可在烹饪料理和船舱派遣任务中获得。提升好感度等级可以解锁角色档案、激斗卡、友情技、究极奥义卡等多种奖励。觉醒系统能激活伙伴的追加技能和奥义技能，同时增加大量属性。不同属性伙伴需要对应属性的觉醒石，觉醒石分为1-8阶，可通过寻宝之旅的深海突围战挑战获得，挑战关卡根据力、技、心三属性区分。
技能系统包括基础技能、追加技能、爆气、奥义技能和友情技能。S级以上伙伴拥有专属追加技能，需要通过觉醒激活。爆气能力在攻击敌人时获得，使用后15秒内大幅提升伙伴属性。奥义技能是伙伴专属大招，需要消耗战斗中获得能量。友情技能是助战伙伴技能，装备后可在战斗中使用。激斗卡和究极奥义卡分别在伙伴20级和27级解锁，前者可在勇者挑战玩法中获得，后者可在勇者推进城玩法中获得。
卡片养成包括强化、进化、洗练等操作，战意卡可进行全部操作，激斗卡和究极奥义卡无法洗练。强化时建议仅使用强化卡，避免浪费其他卡片资源。进化需要同卡或进化核心，优先选择核心伙伴需要的卡片进化。洗练在卡片2星时开启，每次会出现3条随机属性效果。培养核心卡组是最有效的方法，根据力、技、心三属性核心伙伴阵容选择对应卡片，战意卡品质越高属性加成和效果越强。
伙伴选择应根据属性克制原则，力、技、心三属性各培养1-2个核心伙伴。SS级伙伴如鳄鱼、艾斯、艾尼路是优先培养对象，S级伙伴如烟鬼、罗宾可作为过渡选择。前期不要平均培养每个伙伴，主力应紧跟船长等级，其余伙伴保持较低等级即可。合理利用游戏内各种资源获取途径，如寻宝之旅、勇者挑战、派遣任务等，系统性地提升伙伴各项能力，才能在PVE和PVP中取得优势。
